A történet egy alternatív Japánban, Hinomoto városában játszódik, ahol az utazás és szállítás legfontosabb módja a vasút. A különbség, hogy minden vonatnak van humanoid vezérlőmodulja, úgynevezett “Railord”-ja. A főszereplő Sotetsu, aki éppen leérettségizett és nemrég ment egyetemre, úgy dönt, visszatér szülővárosába, hogy megmentse azt a vízszennyezéstől, amit egy új gyár építése okozhat. A városba, ahol örökbe fogadták, miután elvesztette egész családját egy vasúti balesetben.